本草理论在清代得以翻身，主要的功劳，其实起自「儒家」。清代的儒家，对四书五经有了很大的「革命活动」，原因是因为他们觉得古经典的注疏，绝大部分都被宋朝的朱熹垄断了，朱熹乱改原文，后代也只好照单全收；朱熹说某句如何如何解，后代也不好意思说不是。可是，总觉得有问题。但，离先秦时代那么遥远了，连同一个中文字的字义都古今不同了，要如何平反才是？于是清代的儒者想出了一个办法：「用同时代的文献，做平行比对！」比如说《论语》中的某个字，朱熹说是这个意思，可是先秦时代的《庄子》、《列子》、《左传》、《诗经》、《尚书》等等其它书中出现这个字时，却都不是朱熹说的那个意思，于是他们就晓得：那是朱熹弄错了，那个字应当是某某意思才对。比如说「学而时习之，不亦悦乎」的「习」字，先秦当时是「实践」之意才对（即使是现在的日文中也是『学到上手、会用』的意思，唐代传去的字义还在），「学到的常常能用在生活中，很快乐。」如照朱熹的说法，学了就一直温习，就会快乐了吗？正常人类怎会有这么一回事儿呢？这么一种做学问的方法，一种新创的格物训诂之学（日本人也很爱用这一套），影响了中国少数几位由儒而医的医家，而其中有一系的传承，是：明．卢之颐《本草乘雅半偈》→清．刘若金《本草述》→清末．邹澍《本经疏证》→清末．周岩《本草思辨录》。邹澍在《本经疏证》以及周岩《本草思辨录》用了「平行比对」的方式来批注《神农本草经》。而他比对所用的范本，就是中国医学史上唯一的一本「只要『证』合，药投下去，一定会好」，总有效率达到「神的绝对领域」的《伤寒杂病论》（用其它的书也不行，因为有时有效有时没效，未到『绝对领域』，比对会出错）。他用「减法」来检证每一味药的药性，比如说，《伤寒论》中某一个汤剂比另一个汤剂只多了白芍三两，而这两个汤剂所治的主证却大不相同，于是，去推敲这两个主证之间病机的差异，就可以得到「这三两白芍在此处是做什么用的」之结论。而某几十个方用生甘草，某几十个方用炙甘草，慢慢减来减去，就推敲出了甘草生用炙用的药性之别……这样一点一点的「相减」，彷佛在玩「数独游戏」，渐渐摸索出一味药药性的不同层次……而结果，说也奇怪！减出的一句一句，竟恰恰就符合了《神农本草经》那一句一句如天书般令人百思不得解的主治，于是，「三贲」（读死人不赔命的三本难书）之一的《本草经》之谜，就和《伤寒杂病论》的绝对领域之谜，在二者相互的帮助下，一齐渐渐地被解开了！如果有些药味在《伤寒杂病论》中没有足够的出现次数可以相减，邹澍就会去找次一级，却也趋近于「绝对领域」的孙药王《千金方》、《千金翼方》等书，再去配合《伤寒杂病论》，一味一味相减，做分析……这种苦工，光听也会知道有多可怕，可是竟然有人做到了，这真的是学问家的功夫，一般开业医生是没时间也没兴趣这么做的。而另一位年代比邹澍稍晚几年的，就是大家所熟知的唐容川氏了。容川的理论，其《中西医汇通医书五种》中《本草问答》本身就阐释得非常完整，他的理学家思考所攀升到的本草学造诣，实堪与润安先生的《本经疏证》相互辉映，其金木药性相反、水火药性相反之论点，与敦煌出土的《辅行诀》竟然是相通的。中医的大秘密「古典药理学」，终于在清朝的最后，得以重见天日。所以，生在民国时代而学中医的我们，可以说是很幸福的。至于「时方药理学」呢？果真是害人之物吗？有时，我也觉得很难论断，或许该说是「看个人」或「有没有正确的理论与之配合」吧……（一说张元素另有秘传，都学会了就会超强，也就是说，张元素如今传下的东西，就是一本被撕去后半本内容的九阴真经，所以时方家才会多半练成铜尸铁尸的等级？）有一位时方大家，他创的方剂，有效率几乎可以与仲景比美。如果仲景可称为「医圣」的话，这个人大概可以被叫做「医仙」了吧。这仙人就是与明朝皇室有着奇异的关联性，文学医学两得美名的傅青主（傅山），他的《傅青主男女科》也是家庭常备好书，尤其是妇女病，自己在家翻书吃药，比吃市面上一大堆中医开的药都好得更快。（其思想于清代陈士铎的著作中亦可窥见不少）傅青主以时方药理学，加上五脏相传补泻的道理，去搭建他臻于颠峰的医术，依此事实，如果换成今日，恽子愉前辈的「看西医检验报告、透视片」来开中药，彭弈竣先生的「不开经方」、皮沙士先生的「平易之方」却也都其效如神，其事实也就并不值得奇怪，可以放下门户之见而都虚心叹服了。真的是「看个人」。
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